Les deux premiers de chaque groupe se qualifient pour le Rumble Stage. Après deux matchs, les italiens figurent donc en tête du groupe C, devant les Reds, qui devancent le PSG à la faveur du résultat de leur confrontation directe. Guy Chambily reprend finalement du service à la tête de la nouvelle structure. En novembre 2014, il est forcé de se mettre en retrait du club à la suite de l’affaire des matchs présumés truqués du Nîmes Olympique, Xavier Gravelaine assurant l’intérim à la tête du club. L’aéroport de Charleroi Bruxelles-Sud (code IATA : CRL • code OACI : EBCI) est un aéroport belge situé dans le nord de la ville de Charleroi. Médéric Deher revient de son prêt de Luçon mais est prêté de nouveau cette fois-ci en deuxième division belge à l’AFC Tubize. En 1961, Albert Eloy débute à Caen en tant qu’entraîneur : l’équipe est alors reléguée en DH. Lors de la saison 2003-2004, il est appelé pour la première fois avec l’équipe nationale du Brésil mais ne joue pas.
À la suite de l’abandon du statut professionnel, Jean Gast redevient l’entraîneur de l’équipe première, jusqu’en 1944. Après-guerre, le Stade Malherbe évolue en CFA et le poste d’entraîneur va connaître une certaine instabilité. Marcel Mouchel le remplace et permet au club de remonter en CFA. Les autres équipes sont entraînées par Robert Valette pour le CFA et Farid Benstiti pour l’équipe féminine. Ismail Elfath et Kathryn Nesbitt sont nommés respectivement quatrième arbitre assistant officiel et de réserve, tandis qu’un autre Polonais, Tomasz Kwiatkowski, dirigera l’équipe d’arbitres assistants vidéo. L’inter-saison marque un renouvellement de l’effectif, les contrats de nombreux cadres de l’équipe ne sont pas renouvelés. Les dirigeants décident pourtant de ne pas prolonger son contrat. En 2002, les dirigeants font appel à Patrick Remy. Après une saison, il démissionne et devient conseiller technique des dirigeants. Lors de sa première saison, il fait remonter Malherbe en D2, où les Caennais obtiennent des résultats inédits : onzième d’abord, sixième, puis deux fois deuxième. La saison suivante, le Stade Malherbe remporte le championnat de deuxième division – son premier titre professionnel – et gagne ainsi son retour dans l’élite.
Transféré à la Roma, il y devient rapidement titulaire et attire les convoitises de nombreux clubs européens, dont le Paris Saint-Germain, qu’il rejoint en 2013 pour plus de trente millions d’euros après une seule saison dans le championnat d’Italie, et avec lequel il remporte notamment sept titres de champion de France en sept saisons et dont il s’affirme en 2018 comme l’un des capitaines. Fortin est finalement poussé à la démission en 2018 après des divergences devenues de plus en plus importantes avec les autres actionnaires du club, qui l’accusent de ne plus les consulter. Michel Ade est d’abord élu président mais c’est finalement Jean-François Fortin qui prend en main le club en fin de saison, avant d’être remplacé par Jean Pingeon l’été suivant. Le club n’assure son maintien qu’en toute fin de championnat, Gasset quitte le club en fin de saison. Bourbaki doit cependant faire face à la fin des années 1950 à une concurrence accrue, puisqu’un jeune « patro » ambitieux gravit les échelons de la Ligue du Sud-Ouest à toute vitesse: les Bleuets.
Cependant, on garda les principales ligues régionales, qui furent renommées en Région Ouest – lofa (ancienne Ligue d’Oran), Région Centre (ancienne Ligue d’Alger) et Région Est (ancienne Ligue de Constantine). Sa première saison, qui voit le club remporter le championnat de D3 et être promu, est réussie. Vont ainsi se succéder le Franco-Hongrois François Mayer, joueur emblématique des années professionnelles du club caennais, de 1944 à 1946, Armand Deruaz pendant une saison, Charles Carville (deux saisons), Jules Vandooren puis Jean Prouff, anciens internationaux français occupant le poste d’entraîneur-joueur pendant respectivement trois et une saisons. Marcel Leperlier devient l’entraîneur pour une saison, avant d’être remplacé par « P’tit Louis » Requier, ancien joueur caennais et fidèle du club, qui reste deux ans. Il reste cinq saisons, accompagnant la promotion du club en deuxième division. Club Malherbe caennais, qui reste aux commandes du club pendant douze ans. Abandonnant progressivement le terrain, il occupe le poste pendant six saisons, qui voient le club remporter le championnat de Division 3 en 1975 et ainsi retrouver sa place en D2, puis être rétrogradé en 1978. Mouilleron quitte le club une saison plus tard, alors que le club termine en milieu de tableau de D3.
